Japonia doczekała się swojej pierwszej papierowej emisji wiele dziesięcioleci później niż Polska, jednak mimo to japońskie banknoty nie ustępują urodzie naszej waluty. Emisję papierowego jena usankcjonowano prawnie w 1872, a już rok później wydano banknoty od 1 jena do 20 jenów. Między 1881 a 1883 rokiem produkowano kolejne nominały – od 20 senów do 10 jenów (jen dzielił się na seny). W 1885 roku ruszyła kolejna emisja, tym razem 1, 5, 10 oraz 200 jenów w banknotach. Banknot 20 jenowy został dodatkowo wprowadzony do tej emisji w roku 1917, dziesięć lat później zmianie uległ banknot 200 jenów, natomiast w 1945 roku uzupełniono ją o papierowe 1000 jenów.

Emisje klanów feudalnych z XVII-XIX wieku.

Omawiając przedwojenne emisje warto również wspomnieć o papierowym pieniądzu, który pojawił się kilka lat przed emisją jena (dzielącego się na seny). Już w roku 1868 (rok wielu zmian w Japonii - początek ery Meiji, czyli japońskiego oświecenia i otwarcie się kraju na Zachód, oraz przeniesienie w związku z tym stolicy z Kioto do Tokio) władze kraju wydały pierwsze papierowe emisje denominowane w jednostce ryo, które były w pełni wymienialne na monety złote oraz srebrne. Istnieją ponadto papierowe pieniądze emitowane przez ówczesne prywatne instytucje bankowe zwane Kawase Kaisha. Szybko jednak porzucono system ryo w obawie przed rosnącym zjawiskiem fałszerstw. Na długo przed tą rządową emisją istniały już jednak nieformalne, lokalne „banknoty” emitowane przez potężne klany feudalne. Najstarsza taka znana emisja pochodzi z roku 1661, a jej inicjatorem jest klan Fukui.

Jen typu B emitowany przez amerykańską okupację na Okinawie.

Po II wojnie światowej dla rozróżnienia nowej emisji wprowadzono terminologię „nowy jen” (Shin-en). Co ciekawe, amerykańskie siły okupacyjne (stacjonujące w powojennej Japonii w ogromnej liczbie na różnych terenach w całym kraju) wprowadziły na wyspie Okinawa (gdzie znajdowały się największe amerykańskie bazy) swój własny, lokalny pieniądz, tzw. „B Yen”, w nominałach od 10 senów do 1000 jenów. Banknoty typu B w obiegu były przez 10 lat, od roku 1948. Poprzedzająca serię B emisja A istniała praktycznie tylko chwilę, od rozpoczęcia powojennej okupacji do roku 1948. Co ciekawe, Japonia również praktykowała emitowanie banknotów jako okupant, jeszcze przed II wojną światową (wydawano m.in. japońskie peso i centavos).

Banknoty emitowane przez Japonię używane na azjatyckich obszarach okupowanych

W roku 1953 unieważniono wszystkie banknoty o nominałach poniżej 1 jena (zlikwidowano tym samym papierowego sena). Krótko po tym banknoty o nominałach od 1 do 100 jenów zastąpiono monetami. Pod koniec lat 50. Wprowadzono ponadto nominały 5000 oraz 10000 jenów. Banknot 500-jenowy wycofano w 1982 roku. W 2000 roku wprowadzono po raz pierwszy w historii japońskiego pieniądza nominał 2000 jenów. Banknot ten, wydany z okazji szczytu G8 na Okinawie, jest do dziś prawnym środkiem płatniczym w Japonii (mimo, iż należy do poprzedniej emisji, wycofanej i zmodernizowanej w 2004 roku). W praktyce jest niezwykłą rzadkością, mimo iż banknot ten należy do standardowej emisji obiegowej.